“失われた大陸・アトランティス”は本当にあった――!?　エジプトで発見された謎の物体は、異星人の発明した空間移動装置“スターゲイト”だった。そのことをつきとめたダニエル・ジャクソン博士は、伝説のアトランティスが地球から遠く離れたペガサス銀河にいまも存在していることを発見する。アトランティスは、高度な科学技術を持つ異星人が作り出した空飛ぶ都市だったのだ！

そして、世界各国のエキスパートによるアトランティス調査隊が組織された。国際政治学者のエリザベス・ウィアー博士を筆頭に、警備隊長として米空軍パイロットのジョン・シェパード、スターゲイト研究の専門家ロドニー・マッケイ博士、カーソン・ベケット医師らは、新たな発見を求めてアトランティスに向かう。地球とアトランティスをスターゲイトでつなぐには、膨大なエネルギーを必要とし、おそらくチャンスは一度きり。調査隊は、決死の覚悟でゲイトをくぐった。

しかし、到着したペガサス銀河には、レイスと呼ばれるどう猛な生命体がいた。レイスは、人間を襲って生命を吸い取り、それを糧として生きる種族。ペガサス銀河は弱肉強食の世界であり、人間は捕食される側だったのである。調査隊の到着で、地球という豊富な餌場があることを知ったレイスは、地球に狙いを定めた！

惑星アソスの女性リーダーのテイラ・エマガンや、レイスと戦う孤高の戦士ロノン・デックスを仲間に加え、レイスとの激しい戦いが始まった……。