マイケルに捕らえられたテイラを救出せよ。
レイスのハイブリッド・マイケルのアジトに侵入したシェパードたち。しかし、自爆装置の作動でアジトは崩落。瓦礫の下に閉じ込められたシェパードは負傷してしまう。連絡を受けたカーターは救出に向かうが、侵入者に気づいたマイケルも現場に急行していた……。傑作SFアクションドラマ、ついにファイナル・シーズンへ!

仲間の命か、アトランティスか？　決断を迫られる新司令官。
アトランティスの新司令官に、リチャード・ウールジーが着任する。規則を重んじるウールジーは、挨拶もそこそこに報告書と会議を指示。現場主義のアトランティスの面々とは早くも不協和音の予感が……？　一方、レイスの医療データの解読を進めていたケラーは、疲労から居眠り。目覚めると、手に謎の物質が付着していた。

かつての友が見せる真の友情。
テイラとの任務中、ロノンは故郷セティーダの旧友・タイヤーに拉致されてしまった。タイヤーは、かつてはロノンとともにレイスと戦っていたが、いまではレイスに取り入り、“レイス崇拝者”となっている人物。タイヤーはロノンを監禁し、セティーダの生き残りとしてまた一緒にやろうとロノンを誘う。そのとき、レイスが現れた。

戦艦ダイダロスが迷い込んださまざまな世界。
アトランティスのある星の軌道上に、戦艦ダイダロスが現れた。しかし現在、ダイダロスは地球に向けて航行中のはず。軌道上のダイダロスは破損しており、生命反応はない。シェパードたちが乗艦して調べていると、艦内に謎のエネルギーが発生してアトランティスが消えた。シェパードたちは、船ごと並行世界に飛ばされてしまったのだ。

意識だけになったウィアーとの再会。
任務を終えたシェパードたちは、アトランティスに帰還しようとしていた。しかし、ゲイトに入ろうとすると、乗っていた小型機がパワーダウン。直後に回復して無事に帰還するものの、今度はアトランティス内の電力が不安定になってしまった。一台だけ復旧したPCには、エリザベス・ウィアーからのメッセージが映し出された。